Perpustakaan Pascasarjana memiliki sekitar 11.670 koleksi buku, 2350 jurnal, 3060 koleksi thesis/disertasi, dan berlangganan sejumlah majalah dan koran. Perpustakaan PPS UNY berjejaring dengan perpustakaan pusat UNY, perpustakaan UGM, perpustakaan UIN sehingga dapat saling membantu mencari buku-buku yang diperlukan mahasiswa. Perpustakaan PPS UNY juga memiliki fasilitas berlangganan jurnal internasional melalui Proquest.

Untuk menunjang berbagai kegiatan akademik, PPS UNY dilengkapi lab komputer yang cukup memadai. Hampir semua komputer pada lab ini memiliki jaringan internet, yang memudahkan mahasiswa untuk mencari informasi yang dibutuhkan. Lab Komputer PPS juga bekerjasama dengan Pusat Komputer UNY yang bisa dimanfaatkan dengan biaya yang terjangkau.

Ruang kuliah PPS UNY dilengkapi dengan sarana media pembelajaran sesuai kebutuhan pembelajar. Seluruh ruang kuliah juga dilengkapi AC, sehingga perkuliahan berlangsung nyaman.

PPS UNY terasuk lembaga yang peduli dengan kemampuan bahasa Inggris mahasiswa dan pengelola. PPS UNY memiliki unit layanan bahasa yang membantu mahasiswa yang memiliki kesulitan dalam memahami referensi berbahasa Inggris khususnya dalam penulisan abstrak thesis/disertasi. Sekalipun tidak menangani secara langsung, unit ini membantu mahasiswa untuk mendapatkan sertifikat TOEFL. Untuk meningkatkan kemampuan berbahasa Inggris para pengelola PPS, secara rutin unit layanan bahasa juga menyelenggarakan journal club.

Sebagai mahasiswa UNY, mahasiswa PPS UNY dapat memanfaatkan fasilitas-fasilitas penunjang yang dimiliki UNY seperti Puskom, poliklinik, fasilitas olah raga dan kebugaran, dan fasilitas hotspot dsb.