PPS UNY menjalin kerjasama dengan berbagai pihak, baik dalam maupun
luar negeri. Pada umumnya kerjasama tersebut terkait dengan program
peningkatan kualitas sumber daya manusia yang terwujud dalam bentuk
penyelenggaraan perkuliahan S2/S3 bagi staf lembaga-lembaga tersebut.
Pada tahun 2006-2007 PPS menjalin kerjasama dengan Kanwil Depag
Provinsi DIY, Pemda Sleman, Dinas Pendidikan Kabupaten Gunung Kidul,
pemda Kabupaten Banyumas, Majelis NU Pacitan, UNSIQ Wonosobo, BPKLN
Depdiknas, UIN Sunan Kalijaga dsb.
Kerjasama Luar Negeri PPS UNY diarahkan untuk merintis credit
transfer system, yakni perkuliahan yang diselelenggarakan di
universitas lain yang dapat ditransfer ke dalam kurikulum PPS UNY; dan
sebaliknya perkuliahan yang diselenggarakan di PPS UNY yang dapat nilai
kreditnya dapat ditransfer dalam kurikulm universitas lain di LN.