PPS UNY menjalin kerjasama dengan berbagai pihak, baik dalam maupun luar negeri. Pada umumnya kerjasama tersebut terkait dengan program peningkatan kualitas sumber daya manusia yang terwujud dalam bentuk penyelenggaraan perkuliahan S2/S3 bagi staf lembaga-lembaga tersebut. Pada tahun 2006-2007 PPS menjalin kerjasama dengan Kanwil Depag Provinsi DIY, Pemda Sleman, Dinas Pendidikan Kabupaten Gunung Kidul, pemda Kabupaten Banyumas, Majelis NU Pacitan, UNSIQ Wonosobo, BPKLN Depdiknas, UIN Sunan Kalijaga dsb.

Kerjasama Luar Negeri PPS UNY diarahkan untuk merintis credit transfer system, yakni perkuliahan yang diselelenggarakan di universitas lain yang dapat ditransfer ke dalam kurikulum PPS UNY; dan sebaliknya perkuliahan yang diselenggarakan di PPS UNY yang dapat nilai kreditnya dapat ditransfer dalam kurikulm universitas lain di LN.